现代审计发展研究中心于2009年经江苏省教育厅批准成立，研究中心致力于建设具有新型交叉学科特征的审计理论研究平台。依托学校经济学、管理学、政治学、行政学等学科，以国家审计理论与案例研究为重点，紧紧围绕国家审计事业发展和地方经济建设与社会发展的重点领域，致力于探索多学科交叉融合的科研规律和特点，推进现代审计技术研发和理论与政策研究。
研究中心依托南京审计大学政府审计学院建设了具有较强创新能力的科研团队，近年来，主持省部级以上科学研究项目11项，其中，国家级项目3项、教育部人文社科项目3项、其他省部级社科项目5项；发表了一批高质量的学术论文和著作，其中SSCI/SCI论文6篇、CSSICI论文13篇、中文核心9篇、专著4部；主办学术交流会议8次，其中国际学术会议2次、国内学术会议3次、全省学术会议3次。
研究中心积极推进产学研合作与发展，不断提高服务审计行业和区域创新能力，密切跟踪审计实务发展动态，加强科学研究与审计实务的衔接，形成一批具有一定竞争力的社会服务成果和实践案例。研究中心深入开展决策咨询服务，获得省部级领导肯定性批示1篇，设区市及以上党委政府政策文件吸收采纳3篇，承担重庆市审计局、海口市审计局等地方审计机关委托项目，研究中心努力成为全国审计机关和地方政府决策的智库。
