1983年8月，江苏省人民政府正式批复南京市人民政府，同意筹办南京财贸学院。

1987年5月，学校改由审计署与南京市人民政府联合办学，与江苏省教委共同管理，同时更名为南京审计学院。

1990年12月，学校改为审计署直属高等院校，实行审计署、江苏省和南京市共同领导，以审计署为主的领导体制。

1993年2月，经国家教委批准，学校改建为本科院校，仍实行由审计署和江苏省人民政府双重领导，以审计署为主的领导管理体制。

1998年11月，学校成立“ACCA（英国特许公认会计师公会）培训中心”及“ACCA南京考试中心”。

1999年11月，学校通过教育部本科教学工作合格评估。

2000年2月，学校划转为江苏省直属高校，办学管理体制调整为省署共建，以江苏省管理为主。

2002年4月，南京金融高等专科学校并入，组建新的南京审计学院。

2003年，学院新校区征地获批准，选址于南京市浦口区珠江镇，背靠老山森林公园，前临长江，总规模为75公顷，建筑面积40万平方米。

2003年11月，学校与南京大学联合培养硕士学位研究生。首批招收会计学、国民经济学硕士研究生25名。

2005年2月，学校举行新校区开工奠基仪式。同年10月，学生入住新校区新建校舍。

2005年6月，教育部批准南京审计学院金审学院转制为独立学院。

2006年6月，我校召开第二次党员代表大会，确立了到2020年把我校建成国内外有重要影响的特色名校的战略目标。

2007年4月，教育部本科教学水平评估专家组进校对我校本科教学水平进行全面评估，我校十九个一级指标获得十八个A，一个B的优秀成绩。

2008年8月，我校会计学、国民经济学、金融学、行政管理、政治经济学、法学理论和企业管理共7个学科被评为江苏省重点建设学科。

2008年9月，我校荣获“培养ACCA人才最多的大学”奖。

2010年4月，我校被批准为新增硕士学位授予立项建设单位。其中，工商管理、应用经济学、理论经济学3个一级学科为立项建设授权学科，公共管理、法学、数学3个一级学科为立项建设支撑学科。

2011年8月，学校成为“三部一省”即教育部、财政部、审计署、江苏省人民政府共建高校，通过共建形式，支持南京审计学院建成高水平特色大学。

2011年8月，我校ACCA培训中心正式晋级为全球“ACCA白金级培训机构”。

2011年10月，学校获得全国首批审计硕士专业学位授予权。

2012年7月，学校召开第三次党员代表大会，共商创建特色名校大计。

2012年9月，学校独立招收的首批研究生——55名审计硕士专业学位研究生入校。

2013年7月，我校被批准为硕士学位（学术学位）授予单位，工商管理、应用经济学、理论经济学3个一级学科被批准为授权学科。

2014年10月，我校与先锋书局共建的浚园“先锋润泽书局”正式开业，“浚园”捐献者、1984级杰出校友朱林楠等出席发布会。

2015年5月，全国审计专业学位研究生教育指导委员会发布审计硕士专业学位授权点专项评估工作方案，我校审计硕士专业学位授权点专项评估综合得分排名全国第一。

2015年10月26日，教育部同意南京审计学院更名为南京审计大学。

2015年12月12日，学校正式启用新校名：南京审计大学。

2016年3月，学校编制出台《南京审计大学“十三五”教育事业发展规划纲要》，配套制定了《南京审计大学“十三五”学科建设规划》《南京审计大学“十三五”专业建设规划》《南京审计大学“十三五”师资队伍建设规划》等5个专项规划。

2016年，学校实施“国家审计高端人才引进培养计划”。截止12月底，全年共引进或特聘人才99人，其中全职引进教育部4人，特聘4人，特聘国际知名学者1人，特聘学者1人。

2017年2月，在ACCA 项目20周年之际，我校获ACCA 9门免考资格，成为学校ACCA办学的新一座里程碑。

2017年4月，学校通过教育部本科教学工作审核评估。

2017年10月14日，学校召开第四次党员代表大会，确立了到2022年全面建成国内外有重要影响的高水平特色大学的战略目标。

2018年8月，学校与中央军委审计署签署战略合作框架协议，标志着学校开拓出一条军民融合发展之路。

2019年5月，学校启动“南审精神和大学文化”解放思想大讨论，凝练出“忠诚、担当、创新、奉献”的新时代南审精神内核。

2020年4月，学校与法国SKEMA商学院联合创办的南京审计大学国际联合审计学院正式成立。

2020年12月，南京审计大学粤港澳大湾区审计研究院落地珠海，第十一届全国政协副主席、第四任审计长李金华出席签约仪式。

2021年10月26日，我校获批博士学位授予单位与统计学一级学科博士学位授权点（需要加强建设）。

2022年5月9日，学校出台《南京审计大学“十四五”事业发展规划》及10个专项规划，对十四五期间的事业发展作了科学而详实的规划与部署。

2022年10月，学校进入江苏高水平大学建设高峰计划B类建设高校行列，取得又一重大标志性成果。

2022年9月23日，学校召开第五次党员代表大会，确立了学校未来发展的“三步走”战略。

2023年7月4日，中共中央总书记、国家主席习近平给南京审计大学审计专业硕士国际班的留学生回信，鼓励他们为深化国家间友谊与合作积极贡献力量。

2023年10月，学校举行建校四十周年创新发展大会等建校40周年系列活动。